Apáczai Csere János 1659 szilveszterén bekövetkezett halála jelképnek is tekinthető: véget ért egy jelentős fellendülést hozó korszak Erdély iskolatörténetében. Comenius már 1654-ben elhagyta Sárospatakot, s egy esztendőre rá meghalt a kiváló erdélyi nevelő Keresztúri Pál. Apáczai halála után nem sokkal, 1660-ban követte őt Tolnai Dali János a magyar puritanizmus kiemelkedő alakja, a sárospataki kollégium tanára.
Noha a magyar közoktatás olyan radikális polgári irányú átalakítása - mint amilyent Apáczai és Comenius szeretett volna megvalósítani - abban a korban álom maradt csupán, szellemi örökségük mégis tovább élt.
Apáczai tanítványai tovább vitték mesterük eszmeiségét az erdélyi református kollégiumokban, Comenius tankönyvei pedig számtalan kiadást-átdolgozást értek meg. Legnépszerűbb latin nyelvkönyve, a Janua 1634 és 1700 között közel húsz kiadást ért meg. Az erkölcsi szabályokat tartalmazó "Praecepta morum"-ot pedig a könnyebb tanulhatóság kedvéért versbe is szedték.
Comenius sárospataki évei alatt - tudjuk - az elemi oktatás pedagógiájával is foglalkozott. Az évszázados silabizáló módszert nehézkesnek, fáradságosnak tartotta, ezért új utat keresett. A betűztetés helyett - amikor a mássalhangzókat magánhangzós "névvel" tanították meg a gyerekeknek, inkább állatok hangját utánzó hangokat hívott segítségül a mássalhangzók tanításakor. (Például f=fi; m=mum, stb.) A szavak kiolvasásakor nem betűztetett, hanem szótagonként olvastatta ki őket. Comenius olvasástanítási módszere a ma is ismeretes hangoztató módszer első rendszerbe foglalása.
Comeniushoz hasonlóan elvetette az ősi silabizáló módszert a kolozsvári prédikátor, Szőnyi Nagy István. Olvasókönyve 1695-ben jelent meg Misztótfalusi Miklós nyomdájában, aki "tudós tipográfus"-ként Hollandiából hazatérve elsőként ezt a művet adta ki. Rendhagyó volt a könyv terjesztése: a kiváló nyomdász ingyen osztogatta szét példányait a kolozsvári egyházközség szegény sorsú hívei között.
A könyv címéből kitűnik, hogy elsősorban a felnőttek olvasástanulását igyekszik megkönnyíteni: "Magyar Oskola, melynek mesterségével az okos és serény tanító kiváltképpen az idôsbeket írás olvasásra XII órák alatt megtaníthattya". (Az "írás-olvasás itt az írott szöveg olvasását jelenti írástanítás nélkül.)
Szőnyi először a táblára írt betűket tanította meg. A tanulók - anélkül, hogy az egyes hangzókat kiejtették volna - nyomtatott szövegekben keresték ki a táblára írt betűket. Ezután a magánhangzókkal "bokrosan együtt járó", tehát gyakran előforduló mássalhangzó-kapcsolatait olvastatta, mint pl. "ab, eb, ib, ob" stb. A szerző ezzel az eljárással az egyes mássalhangzók segédhangzóval való kiejtésének, a silabizálásnak a kerülőútjait próbálta kiküszöbölni: "Mikor így vagyon írva: Pa ra di tsom ban, miért kell így syllabicáltatni: pé a, Pa; er a, ra; de i, di; tse o em, tsom; Paraditsom; be a en, ban; Paraditsomban? Oh nagy hijábavalóság s kerengő útvesztés!" [207]
Az ilyen - és ehhez hasonló - kezdeményezések a protestánsok iskoláiban elszigeteltek maradtak. Ebben nem csekély szerepet játszott iskoláik bizonytalan egzisztenciája, a katolikus restaurációval párhuzamosan fellángoló protestánsüldözés.
Hogy ennek gyökereit felleljük, érdemes kissé visszatekintenünk a múltba. A XVI. század közepétől kezdve, a protestantizmus szélsebes hazai terjedése után a magyar nemesség jelentős része az új vallási tanok mellé állt. A vallási érvek mellett politikai okok, és az egyházi vagyon megszerzésének reményei vezették őket. Az évszázados szokásoknak megfelelően így a birtokukban levő falvakban és mezővárosokban protestánssá váltak az iskolák.
A XVII. század első felében azonban változott a helyzet. A hazai katolicizmus erőre kapásával párhuzamosan egyre többen tértek vissza a katolikus egyházba: így látták biztosítva vagyoni helyzetüket, jövőjüket. E pálfordulás eredményeképp viszont fennhatóságuk alá tartozó településeken a kegyúri jogot gyakorolva - már nem engedték meg többé a protestáns papok és tanítók működését.
Noha a Bocskai István-féle felkelést lezáró bécsi béke (1606), és az I. Rákóczi György hadjáratai nyomán létrejött linzi béke a protestánsok számára szabad vallásgyakorlatot biztosított, de ez - mindenekelőtt a falvak, mezővárosok lakossága számára - súlyos akadályokba ütközött, mivel a hagyományos földesúri jogot nem szüntette meg.
A problémát ugyanis tovább bonyolította az, hogy a katolikus iskolafenntartók többsége a Habsburgok politikája mellett elkötelezettekből került ki, a protestáns főurak pedig általában a Habsburg-ellenzék közé tartoztak. A katolikus-protestáns vallási ellentét így politikai ellentétté duzzadt. Az 1670-es évekre - főleg a Wesselényi-féle Habsburg-ellenes összeesküvés leleplezése után - a bécsi udvar abszolutisztikus törekvései ismét felerősödtek. A rendi alkotmányt, a nádori tisztséget I. Lipót felfüggesztette, az ország irányítása a Habsburg-ház közvetlen befolyása alá került.
Minden előbbinél erőteljesebben lángolt föl a protestánsüldözés. 1674 tavaszán a pozsonyi vésztörvényszék elé idézték az ország összes evangélikus és református lelkészét (köztük tanárokat, iskolarektorokat), és rá akarták venni őket arra, hogy térjenek át a katolikus hitre. Akik erre nem voltak hajlandók, azokat kötelezték arra, hogy a jövőben semmiféle egyházi, illetve iskolai munkában ne vegyenek részt.
Azt a mintegy negyven prédikátort, akik e kötelezvény aláírását is megtagadták, fogságba vetették, és - itáliai kikötőkbe hurcolva - gályarabnak adták el őket. [208]
Az már a némileg enyhült protestánsüldözés eredménye volt, hogy 1681-ben törvény újította fel a bécsi béke által elvileg biztosított szabad vallásgyakorlatot. A protestánsoktól erőszakkal kicsikart kötelezvények érvényüket vesztették, visszatérhettek a száműzött prédikátorok.
A földesúri birtokokon továbbra is a földesurak vallása volt mérvadó, az ő belátásától függött, hogy engedélyezi-e a más felekezethez tartozó papok és tanítók működését. Az új protestáns templomok és népiskolák létesítését pedig korlátok közé szorították, csak az ún. "artikuláris" (törvénycikk által meghatározott) helyeken engedélyezték.
A protestánsok kollégiumaiban eközben általában Habsburg-ellenes szellemben nevelték az ifjúságot. A tanárok és a diákok rokonszenveztek a Bocskai-, Thököly- és Rákóczi-szabadságharc eszméivel. Ez érthető is, hiszen a szabadságharcok rövid ideig tartó győzelmei a protestáns iskolák számára a fellendülés, a virágzás idejét hozták.
A Habsburgok ezzel szemben a legváltozatosabb (és legkifinomultabb) eszközöket használták fel arra, hogy hátráltassák a protestáns iskoláztatás fejlődését.
Egyes kollégiumokat bezárattak - így például a sárospataki kollégiumnak 1671 és 1704 között bujdosnia kellett Erdélyben -, mások számára pedig csak a grammatikai szintű osztályok indítását engedélyezték. [209]
A hányattatások ellenére a protestáns kollégiumok a XVII. század közepétől kezdve mind több diákot küldtek ki külföldi (mindenekelőtt holland, angol és német) protestáns egyetemekre, hogy ott új eszmékkel, új irányzatokkal ismerkedjenek meg. (A peregrináció, a külföldi egyetemjárás szellemiséget frissítő jótékony hatását már Apáczainál láttuk.) Így váltak a hazatérő ifjak olyan korabeli új filozófiai-teológiai eszmeáramlatok közvetítőivé, terjesztőivé, mint a puritanizmus, a Descartes-i tanok racionalizmusa, majd később a pietizmus, a filantropizmus és végül az ész primátusát hirdető francia és német felvilágosodás filozófiai tanításai.
A protestáns kollégiumok külhoni eszmék iránti nyitottsága egyfajta belső "zártsággal" párosult. Iskoláik hálózatában semmiféle központi irányítás nem érvényesült sem szervezeti, sem az oktatás anyagát érintő tartalmi kérdésekben. A tananyag konkrét részleteit mindenütt az iskolát fenntartó egyházi gyülekezet szabta meg, az egyházi fensőbbség jóváhagyásával. A világi hatóságok beleszólását kifejezetten visszautasították.
Oktatási rendszerük belső autonómiája lehetővé tette az egyes kollégiumok életének szabadabb szellemét, az új szellemű tanok meghonosodását, terjesztését. Ezek az újítások azonban - s ez is a decentralizálás következménye - nem váltak általánossá, mindig a konkrét iskolákhoz és az egyes tanáregyéniségek tevékenységéhez kötődtek.